Visio2003で保存するときに以前のバージョンで保存することで解決できる。

[ツール]-[オプション]-[保存]の[ファイル形式]を「Visio2002図面」にして保存しなおす。

これでVSDファイルはもちろんVSSファイル(ステンシル)も以前のファイル形式で保存することができるようになる。