linuxのcpコマンドで　-f を指定しても上書きの確認が出る件、
かなり既出ですが・・・・。原因は、エイリアスが設定されている為です。

Linux
環境：CentOS,rootユーザでログイン
原因は alias。確認すると，
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# alias
alias cp='cp -i'
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となっている。

回避方法としては，一時的にaliasを無効にすればよく，
それにはコマンドの頭に"\"(バックスラッシュ)をつける。