Windows2000でもシステムファイルのチェックができます。
スタートメニューの「ファイル名を指定して実行」から sfc /scannow をしてください。WindowsのCD-ROMも必要だから準備しておきましょう。そこそこ時間がかかります。
SR1やSR2の場合はCD-ROMを何度も入れ替えながらやることになります。CD-ROMの読めるドライブが２台あれば少しは時間短縮します。